Il WC nautico manuale funziona tramite una pompa a stantuffo azionata a mano: più economico, consuma zero energia, manutenzione semplice, ma richiede uno sforzo fisico e un pompaggio ripetuto. Il WC elettrico funziona premendo un pulsante: comodità identica a quello domestico, consuma 3–8 A dalla batteria durante il funzionamento, ma richiede corrente 12V sempre disponibile. I maceratori elettrici triturano i rifiuti prima dello scarico, permettendo l'uso di tubi più piccoli. La scelta dipende dall'uso: per barche di weekend senza impiantistica complessa, il manuale è più affidabile; per barche da crociera il modello elettrico offre molto più comfort.

In Italia, lo scarico diretto delle acque nere (reflui del WC) in mare è regolato dal D.Lgs. 152/2006 e dalle Ordinanze delle Capitanerie di Porto locali. In generale: entro 3 miglia dalla costa è vietato lo scarico non trattato; oltre le 3 miglia è consentito ma con limitazioni in aree marine protette. Nei porti, nelle marine e nelle aree di ancoraggio frequentate è praticamente sempre obbligatorio usare un serbatoio di raccolta (tank) e svuotarlo nelle stazioni di pompaggio portuali. Per chi fa crociera, dotarsi di un serbatoio di raccolta delle acque nere è la soluzione più sicura dal punto di vista legale e ambientale.

Il macerator pump (pompa maceratrice) tritura i rifiuti solidi prima di pomparli fuori dal serbatoio o verso lo scarico. È necessario quando: il WC scarica in un serbatoio di raccolta che va svuotato periodicamente, o quando lo scarico avviene tramite tubi di piccolo diametro che si ostruirebbero con i solidi. I maceratori si consumano più rapidamente se usati con carta igienica normale: usare sempre carta igienica specifica per WC nautici (si scioglie rapidamente) o ridurre al minimo l'uso di carta.

Le ostruzioni nel WC nautico sono comuni e quasi sempre evitabili. Prevenzione: usare solo carta igienica per nautica o limitare l'uso di carta, non gettare assolutamente oggetti non biodegradabili, aggiungere periodicamente prodotti enzimatici nel serbatoio per mantenere i tubi liberi. In caso di ostruzione: versare acqua calda con sapone per lavastoviglie nel vaso e pompare lentamente. Se non funziona, smontare il tubo di uscita e pulirlo meccanicamente. Le ostruzioni croniche indicano un accumulo di tartaro calcareo nei tubi: trattare con soluzione di acido citrico diluito.

L'installazione di un holding tank richiede: scelta del serbatoio (flessibile o rigido) dimensionato in base all'uso previsto (almeno 30–50 litri per una barca da crociera), posizionamento in un gavone ventilato con accesso al tappo di riempimento dal WC e al bocchello di svuotamento sul fianco della barca, installazione di un tubo di sfiato con filtro a carbone attivo per i vapori. Le valvole di commutazione permettono di scegliere tra scarico diretto a mare (oltre le 3 miglia) e raccolta nel tank (in porto). Tutta la tubazione deve essere in tubo marino omologato per acque nere (resistente ai vapori di idrogeno solforato).

La winterizzazione del WC nautico previene danni da congelamento e prolungamento della vita dei componenti in gomma. Procedura: 1) Pompare tutta l'acqua residua dal sistema (per i manuali pompare a secco, per gli elettrici attivare fino a vuoto); 2) Versare nel vaso circa 500 ml di antigelo marino atossico non tossico (tipo potassium chloride o propylene glycol) e farlo circolare nel sistema; 3) Chiudere le valvole di presa a mare e scarico; 4) Per i modelli manuali, lubrificare il pistone della pompa con grasso silicone. Non usare mai antigelo con glicole etilenico (tossico): nel Mediterraneo dove raramente gela, è sufficiente anche solo svuotare completamente il sistema.

L'odore persistente dal WC è quasi sempre causato dall'accumulo di cristalli di struvite (fosfato di magnesio e ammonio) nelle pareti interne dei tubi: la struttura porosa trattiene batteri e odori anche dopo il lavaggio. Il trattamento efficace è il flush con acido citrico concentrato (soluzione al 30–40% in acqua calda) lasciato in ammollo 2–4 ore nei tubi: scioglie i cristalli e neutralizza gli odori alla fonte. Prevenzione: utilizzare additivi enzimatici nei prodotti di pulizia WC che degradano biologicamente i residui organici. I tubi in odore cronico da anni richiedono spesso la sostituzione fisica: l'odore è penetrato nel materiale.

La presa a mare di aspirazione porta acqua pulita dall'esterno verso il WC (o il motore o il sistema di raffreddamento). Lo scarico porta i reflui trattati (o non trattati) dall'interno verso l'esterno. È fondamentale che questi due circuiti siano completamente separati e non possano mai incrociarsi: un collegamento accidentale porterebbe reflui fecali dentro il WC invece dell'acqua pulita, con rischi sanitari gravi. Le valvole di presa a mare di aspirazione e di scarico devono essere chiaramente identificate (colori diversi o etichette) e facilmente accessibili per la chiusura rapida in caso di emergenza.